Terdapat beberapa kesan yang berbeza yang dapat digunakan untuk memvisualisasikan dan memotret DNA selepas bahan tersebut dipisahkan oleh elektroforesis gel. Di antara banyak pilihan, lima jenis ini adalah permulaan yang paling biasa dengan Ethidium bromide, yang paling banyak digunakan. Apabila bekerja dengan proses ini, penting untuk tidak hanya mengetahui perbezaan di antara strain tetapi risiko kesihatan yang wujud.
01 Ethidium Bromide
Ethidium bromide mungkin merupakan pewarna paling terkenal yang digunakan untuk menggambarkan DNA. Pewarna ini boleh digunakan dalam campuran gel, dalam penyangga elektroforesis atau untuk mengotorkan gel selepas ia dijalankan. Molekul pewarna mematuhi helai DNA dan fluoresce di bawah cahaya UV, menunjukkan kepada anda dengan tepat di mana kumpulan itu berada dalam gel. Walaupun kelebihannya, kelebihannya adalah bahawa etidium bromida adalah karsinogen berpotensi, jadi ia harus ditangani dengan sangat hati-hati. Kerana potensi risiko kesihatan bekerja dengan gel ini, alternatif telah dijumpai. 02 SYBR Gold
SYBR Pewarna emas boleh digunakan untuk mencemarkan DNA double atau single-stranded, atau mencemarkan RNA. SYBR Gold adalah salah satu alternatif pertama untuk etidium bromida untuk memukul pasaran dan ia dianggap lebih sensitif daripada ethidium bromide. Pewarna ini mempamerkan pendarfluor UV 1000 kali lebih tinggi apabila ia terikat kepada asid nukleik. Ia kemudian menembusi gel persenyawaan yang tebal dan tinggi dan boleh digunakan dalam gel formaldehid. Kerana pendarfluasan molekul yang tidak terhingga begitu rendah, tidak diperlukan. Proksi Molekul pemegang lesen juga (sejak pelancaran SYBR Gold) yang dibangunkan dan dipasarkan SYBR Safe dan SYBR Green yang merupakan alternatif yang lebih selamat untuk bromida etidium.
03 SYBR Green
Noda SYBR Green I dan II (sekali lagi, dipasarkan oleh Probes Molekul) dioptimumkan untuk tujuan yang berbeza. Kerana mereka mengikat DNA, mereka masih dianggap sebagai mutagen berpotensi dan kerana itu, mereka harus ditangani dengan hati-hati. SYBR Green I lebih sensitif untuk digunakan dengan DNA double-stranded, sementara SYBR Green II, sebaliknya, adalah yang terbaik untuk digunakan dengan DNA tunggal atau RNA tunggal. Seperti noda Ethidium Bromide yang popular, kesan noda ini sangat sensitif di bawah cahaya UV. 04 SYBR Selamat
SYBR Safe direka untuk menjadi alternatif yang lebih selamat untuk Ethidium Bromide dan lain-lain kesan SYBR. Ia tidak dianggap sebagai sisa berbahaya dan secara umumnya boleh dilupuskan melalui sistem pembetungan biasa (iaitu di bawah longkang), kerana ujian ketoksikan menunjukkan bahawa tidak ada toksisitas akut. Ujian juga menunjukkan terdapat genotoksisitas sedikit atau tidak pada sel Hamster Embryo (SHE) Syria, limfosit manusia, sel limfoma tikus, dan dalam ujian AMES. Noda boleh digunakan dengan transilluminator cahaya biru yang menyebabkan kerosakan DNA yang lebih sedikit dan menawarkan kecekapan yang lebih baik untuk kloning kemudian. 05 Eva Green
Eva Green adalah pewarna pendarfluor hijau yang didapati menghalang PCR menjadi lebih rendah daripada pewarna lain. Ini menjadikannya sangat berguna untuk aplikasi seperti PCR masa nyata kuantitatif. Ia juga merupakan pilihan yang baik jika anda menggunakan gel lebur rendah untuk pemulihan DNA. Ia sangat stabil pada suhu tinggi dan mempunyai pendarfluor sangat rendah sendiri, tetapi sangat pendarfluor apabila terikat kepada DNA. Eva Green juga telah menunjukkan bahawa tidak ada sitotoksisiti atau mutagenisiti yang sangat rendah atau tidak.